برنامه خندوانه مسابقه پیامکی دارد که تماشاگران با ارسال شماره‌ای در آن شرکت می‌کنند، بعد از یک بار ارسال شماره همراه کاربر در سامانه پیامکی خندوانه ذخیره می‌شود و روزانه پیامک‌هایی برای کاربر فرستاده می‌شود که هم هزینه‌ای از مشترک کسر می‌شود و هم برای او مزاحمت ایجاد می‌کند، در بسیاری از وبسایت‌ها از این موضوع شکایت شده‌است طوری‌که عبارت "لغو پیامک خندوانه " در وبسایت گوگل ترند شده‌است، تقریباً روشی برای لغو پیامک خندوانه موجود نیست.[۱۵]

از دیگر موضوعات پیرامون این برنامه عدم دعوت از خوانندگان سرشناس کشور به خندوانه است و تا کنون خوانندگان سرشناس و مردمی قابل توجهی به این برنمه دعوت نشده‌اند.