فصل اول از ۲۱ خرداد ۱۳۹۳ شروع شد و در ۳ آبان ۱۳۹۳ پایان یافت.[۲۰][۲۰][۲۱] فصل دوم آن از ۲۹ فروردین ۱۳۹۴ به روی آنتن رفت[۲۲] و در ۲۱ مهر ۱۳۹۴ پایان یافت.[۲۳] فصل سوم آن از ۲۵ اسفند ۱۳۹۴ شروع شد و در ۱۰ مهر ۱۳۹۵ پایان یافت.[۲۴] فصل چهارم برنامه از ۳۰ آذر ۱۳۹۵ به روی آنتن رفت و ۲۹ شهریور ۱۳۹۶ پایان یافت.
همچنین مسابقه خنداننده شو در این فصل از ابتدای فروردین شروع شده و تا اواسط مرداد ماه به پایان رسید. در این مسابقه شرکت کنندگان برای اولین بار در طول برنامه از میان مردم انتخاب شده‌اند و اقدام به استندآپ کمدی می‌کنند. در این مسابقه ۱۶ نفر از چند صد هزار نفر انتخاب شده و زیر نظر مربیان خود که شامل رامبد جوان، شقایق دهقان، حسن معجونی، اشکان خطیبی بود آموزش دیدند و طی هر قسمت به صورت ۴ نفره باهم به رقابت پرداختند. در پایان میثم درویشان پور توانست از حريف خود مجید افشاری پيشی بگيرد و جايزه برتر خنداننده شو را از آن خود كند. از مجموع سه میلیون و ۴۶۱ هزار و ۱۹۷ رای ، سهم درویشان پور به عنوان نفر اول، یک میلیون و ۹۳۷ هزار و ۹ رای بود.(مسابقه ی اخر در برج میلاد مقابل صد‌ها نفر انجام شد).
فصل چهارم خندوانه از اواخر آذر ماه ۹۵ شروع شده و در اواخر شهریور ۹۶ پخش شد. در نوروز ۹۶ آیتم - مسابقه ادا بازی که شرکت کنندگان آن از هنرمندان و ورزش دوستانی چون مهران غفوریان، سپند امیر سلیمانی، مهرداد میناوند، حامد آهنگی، محمد نادری، نصر ا… رادش، نیما شعبان نژاد، خود رامبد جوان و … بودند.
شمایل کلی برنامه همانند دو فصل قبلی است ولی بخشی تحت عنوان «لبآهنگ» به برنامه اضافه شده که در این بخش بازیگران، خوانندگان، ورزشکاران و افراد مشهور با حضور در برنامهٔ خندوانه باید در مسابقه‌ای تحت عنوان لبآهنگ شرکت کنند. در مسابقه لبآهنگ با پخش یک موزیک شرکت‌کنندگان باید بر روی موزیک لب بزنند و بینندگان به بهترین لبآهنگ رای دهند. لبآهنگ به صورت سه مرحله‌ای برگزار می‌شود و در انتها ۳ نفر به فینال مسابقات راه خواهند یافت.[۱۸]
از روز سه شنبه دهم اسفند نود و پنج تا پایان هفته به علت برگزاری مراسم وفات فاطمه زهرا همانند ماه محرم و صفر پخش نشد.
خنده ۲۵ ثانیه‌ای: در شروع برنامه رامبد جوان، حضار و بینندگان را به خندیدن به مدت ۲۵ ثانیه دعوت می‌کند
بستن کمربند: به صورت نمادین در اول برنامه
خواندن آهنگ برنامه: توسط حضار آهنگ‌های نظیر «خلیج فارس» و «ایران ایران»
گزارشگر سطح شهر تهران: مصاحبه با صاحبان مشاغل و کارآفرینان و هنرمندان
گزارشگر استانی: همراه با بهروز بقایی
پخش گزارش از کارهای خیریه: توسط «هنرمندان» و تیم «خندوانه» در سطح کشور
مهمان برنامه: شامل گپ و گفت و مسابقه دارت و پرتاب حلقه و خنده ۵ ثانیه‌ای و اهدای لوح تقدیر…
اجرای نمایش طنز: توسط بازیگران خندوانه شامل «جناب خان» و «نیما شعبان‌نژاد» و «دانیال غفارزاده» با رامبد جوان و حضار
ایستاده با طنز: استندآپ کمدی توسط کمدین‌های برنامه
مسابقه خنداننده برتر: بین ۱۶ کمدین (فصل دوم خندوانه)
مسابقه داخل استودیو: ویژه حضار
مسابقه پیامکی: ویژه بینندگان
قرعه کشی: ویژه بینندگان
اهدای تندیس بهترین لبخند: در پایان هر هفته انتخابی از سوی بینندگان
باز کردن کمربند: به صورت نمادین در آخر برنامه
خداحافظی: با جمله معروف «شاد باشید»
در فصل دوم، خندوانه هر شب ۱۰۰ تماشاچی[۱۶] را از کسانی که با خندوانه تماس گرفته بودند را به‌صورت رایگان در خود جای می‌داد.[۱۷]
خندوانه در فصل دوم به دلیل حضور جناب خان و مسابقه خنداننده برتر بسیار معروف‌تر و محبوب‌تر شد
برنامه خندوانه مسابقه پیامکی دارد که تماشاگران با ارسال شماره‌ای در آن شرکت می‌کنند، بعد از یک بار ارسال شماره همراه کاربر در سامانه پیامکی خندوانه ذخیره می‌شود و روزانه پیامک‌هایی برای کاربر فرستاده می‌شود که هم هزینه‌ای از مشترک کسر می‌شود و هم برای او مزاحمت ایجاد می‌کند، در بسیاری از وبسایت‌ها از این موضوع شکایت شده‌است طوری‌که عبارت "لغو پیامک خندوانه " در وبسایت گوگل ترند شده‌است، تقریباً روشی برای لغو پیامک خندوانه موجود نیست.[۱۵]
از دیگر موضوعات پیرامون این برنامه عدم دعوت از خوانندگان سرشناس کشور به خندوانه است و تا کنون خوانندگان سرشناس و مردمی قابل توجهی به این برنمه دعوت نشده‌اند.
خنداننده برتر مسابقه‌ای بود که در سال ۱۳۹۴ از خندوانه پخش شد. این مسابقه با محوریت استندآپ کمدی میان ۱۶ کمدین و به صورت حذفی، با رای مردم برگزار می‌شد.[۱۳]
علی‌رضا خمسه، امین حیایی، سروش صحت، سید جواد رضویان، مهران غفوریان، رضا شفیعی جم، بیژن بنفشه‌خواه، سپند امیر سلیمانی، امیرمهدی ژوله، شقایق دهقان، الیکا عبدالرزاقی، امیر کربلایی‌زاده، سجاد افشاریان، علی‌رضا مسعودی، نادر سلیمانی و هومن حاجی عبداللهی ۱۶ کمدینی بودند که در این مسابقه شرکت کردند و در نهایت در آخرین قسمت برنامه به دلیل اتمام فصل دوم و نبودن فرصت برای اجرای فینالیست‌ها و رأی‌گیری که نیاز به ساختن چند قسمت دیگر از خندوانه بود رامبد جوان و عوامل برنامه تصمیم گرفتند که به صورت مشترک مهران غفوریان و امیرمهدی ژوله را به عنوان نفر اول خنداننده برتر معرفی کنند
این برنامه از تماشاگرانی تشکیل شده که با تست خنده و از میان افراد متقاضی به برنامه وارد شده‌اند و در طول برنامه لبخند به لب دارند و به آن‌ها «هیئت داورانِ خندوانه» گفته می‌شود. برنامه با مقدمهٔ رامبد جوان شروع می‌شود و پس از آن او و حضار، ترانهٔ شاد برنامه را می‌خوانند. بعد، مهمان برنامه را همراه با تشویق به داخل دعوت می‌کنند. در میان مصاحبه، گفت‌وگویی با دوستان و همکاران وی نشان داده می‌شود. گفتوگو با مهمان با شوخی و خنده همراه است. از مهمان برنامه خواسته می‌شود که پنج ثانیه به سمت دوربین لبخند بزند و مردم با فرستادن پیامک، در برنامهٔ پایانیِ هر هفته بهترین لبخند را گزینش می‌کنند. در طی برنامه، نیما شعبان‌نژاد و جناب خان (فصل‌های ۲و۳) نقش آفرینی می‌کنند.
ایدهٔ اجرای برنامه، یک بار در سال ۱۳۸۳ توسط رامبد جوان به شبکهٔ دو داده شده بود، ولی به خاطر تأمین نشدن بودجه و مسائلی مانند آن ساخت این برنامه به تعویق افتاد.[۷][۸]
از ۲۰۰۰ مقاله‌ای که دربارهٔ خندیدن و خنده در جهان تألیف و نوشته شده‌بود، تقریباً ۹۰۰ مورد استخراج و بن‌مایه علمی برنامه شد. بارزترین بخش این مقالات توجه به اثرات حیرت‌انگیز خنده در انسان‌ها بود
خندوانه نام برنامه‌ای تلویزیونی به کارگردانی و اجرای رامبد جوان است که در هر قسمت با چهره‌های سرشناس سینما، تلویزیون، ورزش،[۴] سیاست و مانند آن در مورد خنده و شادی گفتوگو می‌کند. خندوانه یکی از پر مخاطب‌ترین برنامه‌های تلویزیونی ایران محسوب می‌شود.[۵]
این برنامه از هنرمندانِ محبوب و معروفِ دیگری نیز بی‌بهره نمانده[۶] و هفته‌ای چند شب یک خنداننده به برنامه می‌آید. همچنین، مهمانان دیگری از میان افراد موفق جامعهٔ ایرانی نیز دارد. این برنامه به برترین لبخند، تندیس به‌یادماندنی برنامه را تقدیم می‌کند و میهمانان برنامه معمولاً ۱۵ثانیه به دوربین لبخند می‌زنند.